抗菌藥物的耐藥性。在青霉素剛剛應用于臨床之后幾年，臨床醫(yī)師就發(fā)現(xiàn)一些細菌產(chǎn)生耐藥性。隨著大量抗菌藥物臨床應用，抗菌藥物耐藥性問題就像滾雪球一樣嚴重地影響臨床醫(yī)療和病人安全。對多種藥物產(chǎn)生耐藥性的結(jié)核病菌不再局限出現(xiàn)于某個國家和地區(qū)，每年都會使數(shù)以萬計的病人死亡。
抗菌藥物毒副反應。一些藥物具有耳毒性或腎毒性、肝毒性，如耳毒性藥物使用不當，是造成藥物繼發(fā)性耳聾的主要原因。一些藥物會造成造血系統(tǒng)的影響，還有一些藥物可能影響兒童骨骼、牙齒的生長發(fā)育。妊娠期和哺乳期抗菌藥物使用有可能對胎兒和嬰兒產(chǎn)生不良影響。
抗菌藥物造成的菌群失調(diào)、二重感染和院內(nèi)感染。長期使用廣譜抗生素和聯(lián)合使用抗生素可能造成人體正常菌群的失調(diào)，引發(fā)二重感染或霉菌感染，也是造成院內(nèi)感染的主要因素之一。
抗菌藥物引起人體的變態(tài)反應。如青霉素、鏈霉素、磺胺等可引起人體的變態(tài)反應，如處理不當，會危及患者的生命。
抗菌藥物資源有限，研發(fā)費用昂貴。抗菌藥物在大體分類上（包括抗真菌藥在內(nèi)）一般分十三類左右，近年來，雖然各國抗菌藥物研發(fā)力度都很大，但是仍然沒有擺脫目前的藥物分類范圍。而且，一個可以在臨床上市使用的抗菌新藥研發(fā)費用在10億美元以上，周期10年而一代耐藥菌的產(chǎn)生只要兩年。抗菌藥物的研制速度遠低于耐藥細菌的發(fā)展速度。如不正確合理應用，發(fā)生耐藥導致療效下降，會造成巨大的經(jīng)濟損失。
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